袁剑波副研究员在重要海洋经济型虾类基因组破译方面取得重大研究成果，破译了凡纳滨对虾、中国明对虾、中华绒螯蟹等在内的多个重要经济型物种基因组，解析了对虾底栖适应、快速神经传导、蜕皮、高效渗透调控等关键生物学问题的遗传学基础，促进了虾蟹全基因组育种的进程，加快了虾蟹品质改良和产业发展。在甲壳动物适应性进化方面取得突破性研究成果，发现了十足目甲壳动物趋同进化的特征的遗传机制，挖掘了虾类环境适应的关键进化因子，为揭秘甲壳动物适应深海、浅海、淡水等各种环境提供了新的研究方法和理论依据。

       此外，袁剑波副研究员通过比较组学的研究，挖掘了大量甲壳动物环境适应的关键进化因子。首次挖掘出凡纳滨对虾基因组上细菌起源的水平转移基因，其可能有利于促进对虾的能量代谢和防御机制，相关成果发表在BMC evolutionary biology（IF=3.41）；找到了虾类基因组大小进化和基因组高复杂度的关键分子证据，挖掘了大量关键扩张基因家族功能，相关研究成果发表于Marine Drugs（IF=4.38），IJMS（IF=4.65）和Frontiers in Genetics（IF=4.15）等杂志上。通过深海和浅海茗荷儿转录组的测序和比较分析，揭示了深海附着型生长的甲壳动物的独特适应机制，相关成果发表于BMC genomics（IF=4.09）上。