吴东东研究员以人类关系最为密切的两个动物类群家养动物和灵长类动物为研究对象，牵头发起国际灵长类基因组计划，利用进化生物学思想，多学科交叉，研究探讨动物复杂性状产生和进化的遗传机制，取得一系列突出的原创性发现。以通讯作者(包括共同通讯)身份在Science、Nature Genetics、Nature Ecology and Evolution、PNAS、Cell Research (3篇)、Nature Communications(4篇)、National Science Review、Genome Biology (2篇)和Molecular Biology and Evolution (10篇)等影响因子大于10的SCI期刊发表论文24篇。这些研究结果在国际分子进化学界引起广泛关注，被Science、CNN、纽约时报等多次报道或评述。
吴东东研究员长期受邀为Science Advances、Nature Communications、National Science Review、Molecular Biology and Evolution等10多种国际知名期刊审稿。先后获得中国科学院百篇优秀博士论文奖、中科院卢嘉锡青年人才奖、中科院青促会优秀会员、云南省自然科学奖特等奖(2014年，个人排名第三)和一等奖(2014年，个人排名第五；2020年，个人排名第二)、国家自然科学奖二等奖(2015年，个人排名第三)等奖项。作为主持人获得国家自然科学基金重大研究计划集成项目(883万)、联合基金(230万)、国家自然科学基金优秀青年基金等重要项目的资助。
吴东东研究员长期受邀为Science Advances、Nature Communications、National Science Review、Molecular Biology and Evolution等10多种国际知名期刊审稿。先后获得中国科学院百篇优秀博士论文奖、中科院卢嘉锡青年人才奖、中科院青促会优秀会员、云南省自然科学奖特等奖(2014年，个人排名第三)和一等奖(2014年，个人排名第五；2020年，个人排名第二)、国家自然科学奖二等奖(2015年，个人排名第三)等奖项。作为主持人获得国家自然科学基金重大研究计划集成项目(883万)、联合基金(230万)、国家自然科学基金优秀青年基金等重要项目的资助。
