程亚林博士结合生态学、形态学、基因组学等方法，聚焦鸟类演化起源问题，探讨鸟类种间及种内的系统发育关系，追踪其历史、气候变化的遗传印记，解析多基因性状的发育和遗传调控机制，探索极端环境下的遗传适应途径。解析地山雀喙型演化及发育的转录调控机制、发现山雀科鸟类喙型进化新的主效基因、揭示山雀科鸟类对高海拔环境的平行基因组适应等。以上研究不仅基于整个谱系类群检验了不同物种间高海拔适应的平行性，而且首次探讨了进化历史、遗传多样性对平行适应性演化的影响，为区系水平平行演化研究提供了全新的思路。此成果以“Parallel genomic responses to historical climate change and high elevation in East Asian songbirds”为题发表于国际重要期刊《Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America》。
