韩菡教授主要从事动物生态学和生物多样性保护方面的研究，尤其擅长利用稳定同位素分析技术解决生态学中的各种问题，包括以大熊猫为代表的濒危动物食性演化、营养生态学及生境变化等方面。利用稳定同位素的研究方法阐明了大熊猫及伴生物种在营养生态位上的分割及其对同域共存机制的影响，并探索了大熊猫在其漫长的历史演化过程中食性转变和栖息地退缩所处的不同阶段和程度，解决了一直困扰大众的问题：专吃竹子是否危害大熊猫的生存。为一直以来大熊猫食性转变的谜题提供了直接的证据支持。现今已将研究扩展到包括大、小熊猫、金丝猴、扭角羚等大熊猫国家公园内的珍稀濒危物种生态学及生物多样性保护等方向，特别是有关生态位、多样性评价及栖息地保护与管理等具有重要实践意义的研究。