王堃副教授长期以来注重微观进化的传统进化遗传学手段难以研究这些较大尺度的事件，注重宏观进化的古生物学则往往只能从骨骼等硬组织着力，因此关于这些重大进化事件的分子遗传机制一直是悬而未决的问题。针对这些问题，被推荐人开发了针对大尺度、跨物种进化研究的方法，能够有效地鉴定宏进化尺度上的遗传创新；同时，运用多学科交叉手段，整合了现生物种的遗传数据和古生物学的化石证据，深入解析了脊椎动物关键表型起源演化的分子遗传机制，在脊椎动物登陆和特殊环境适应等重大进化事件的分子遗传机制研究中取得了突破。