董云伟教授致力于潮间带生态学研究，以阐释“潮间带生物分布变化过程、机制及驱动因子”为核心目标，系统研究了潮间带生物对环境变化的生理响应和生化适应机理，从机制上解析气候变化和人类活动对潮间带生物分布的影响，取得以下成果：（1）在生化适应水平上，首次建立了“分子动力学模拟–酶动力学–蛋白表达验证”的研究新范式，定量诠释了蛋白质稳定性与潮间带生物分布的关系；（2）在生理适应水平上，建立了潮间带生物温度生理响应模型，阐述了生理适应的尺度效应，提出并验证了微生境和生理多样性在生物分布中扮演关键作用的新理念；（3）在宏观生态水平上，整合野外调查、区域海洋动力学模型和生理生态模型，解析了气候变化和人类活动影响下我国潮间带生物地理格局变化过程与环境因子的驱动作用。
       共发表SCI论文77篇，其中第一和通讯作者46篇，被引用1810次。论文入选Global Ecology and Biogeography，Functional Ecology和Diversity and Distributions等领域内旗舰期刊封面，被Journal of Experimental Biology（2011，2017，2019）选为亮点文章。应邀在第七届国际滨螺生物学大会（瑞典，2017）等学术会议上进行16次大会报告和主题报告。